Kiriya, Shiina et Kureha retrouvent Hiruda et Saionji. Ce dernier se fait à présent appeler Traihart et est devenu l’empereur de Baelgard. De son côté, Sôma a été sauvé par Zéro, l’homme ailé qu’il a croisé avant d’atterrir sur End Earth. Ce dernier lui demande de veiller sur le monde à sa place...

Sôma, Ryûna et Lazarus se rendent à Astraea où ils sont témoins du mal qui frappe la forêt des elfes. Ils y croisent l’elfe Elwyn, qui est à la recherche de Zéro. De leur côté, Kiriya, Shiina et Kureha aident Seiran et Philias à lutter contre l’empire de Baelgard. Kiriya affronte Zecty, un des bras droit de Traihart...

Kiriya se rend dans le désert chercher la base de Baelgard et y retrouve Zecty. Hiruda lui révèle que Zecty est un être artificiel construit à partir d'une arme antique. Quand Kiriya tente de la tuer, Sôma, qui commence à comprendre ce qu’il doit faire pour veiller sur le monde, s’interpose...

La guerre entre Philias, Seiran et Baelgard fait rage. Sôma tente d'organiser une médiation entre Kiriya et Traihart, mais rien n’y fait. Alors que Traihart s’apprête à porter le coup de grâce à Kiriya, Zecty s’interpose et meurt. Fou de rage, Killrain cède aux forces des ténèbres et enferme Libéria dans un épais mur de glace...

Zéro révèle à Sôma qu'il était autrefois un humain nommé Shion qui se battait avec l’ordre des chevaliers de Weiss Ritter pour le bien du monde. Mais un jour il fut possédé par Zéroboros, le gouverneur du chaos, avant de retrouver son cœur et de devenir Zéro. Alors que Sôma intègre à son tour les Weiss Ritter, Kiriya et ses compagnons se rendent sur le continent de Valéria pour chercher de l’aide...

Sôma et Elwyn se rendent dans le nord où ils retrouvent Traihart et Hiruda. La situation est critique : les ténèbres envahissent Libéria et Traihart craint que le Réceptacle divin se réveille. Avant d’être attaqué par Killrain, il leur confie ce qu’il appelle l’Espoir...

L'Espoir de Traihart se révèle être Zecty, que Hiruda a fait reconstruire. Kiriya et ses amis parviennent a réactiver la Tour du Vent d’Astraea, dont Zecty devient la prêtresse. Lorsque Zeed attaque Mao, Sôma vole à son secours et parvient à libérer son Epée de Cœur...

Enfermé dans la Tour Noire, Killrain tente de réactiver le Réceptacle Divin et se sert des pouvoirs de Chevalier de Cœur de Traihart pour ce faire. Sôma, Kiriya et tous leurs compagnons se rendent au laboratoire de Hiruda pour y trouver le téléporteur qui pourra les mener dans la Tour Noire...

Sôma et tous ses compagnons arrivent dans la Tour Noire où ils sont confrontés à un dilemme : Traihart est attaché au dispositif d’alimentation du Réceptacle Divin et couper celui-ci reviendrait à tuer celui-là. Kiriya se rend compte qu’il ne peut sauver le monde s’il doit sacrifier un ami en retour...

Ayant trouvé leur Saint-Graal, les trois Chevaliers de Cœur, Sôma, Kiriya et Traihart mettent en commun leurs pouvoirs pour vaincre Killrain et de sceller à nouveau le Réceptacle Divin. La fin de l'aventure s'approche et chacun va devoir choisir le chemin qu'il désire suivre...