Eira et ses jeunes compagnons vivent de la piraterie. Une nuit, ils croisent la flotte menée par Crystel, fille du roi de Megalonia. Celle-ci est partie à la recherche de Ellcia, un puissant navire envoyé par le dieu Arus selon les prophéties du royaume de Eija, l'une des contrées que son père a conquis. Bien décidée à provoquer la colère divine afin de le faire apparaître, Crystel met le pays à feu et à sang...

Le vaisseau pirate d'Eira est happé par les remous provoqués par l'apparition d'Ellcia. Les membres l'équipage qui s'y trouvaient encore sont envoyés dans les entrailles du vaisseau divin, qu'ils se mettent à explorer. A force de fureter ils finissent par ouvrir une porte derrière laquelle est enfermé un démon que le peuple des fées avait scellé en même temps qu'Ellcia. Avide de vengeance, le démon massacre les troupes de Crystel arrivées à bord d'Ellcia...

Eira et ses compagnons gagnent l'île de Shikis à bord afin d'acquérir le premier des trois pouvoirs qui manquent à Ellcia : celui d'évoluer sous l'eau tel un poisson. A Megalonia, le devin Guku confirme au roi Nabos qu'Eira est non seulement la princesse légitime d'Eija, mais aussi l'élue, seul être capable de piloter Ellcia. Crystel de son côté s'empare du vaisseau de guerre ultra-perfectionné que l'officier renégat Phelkis faisait construire en secret et part traquer Ellcia...