Ichimatsu doit s’infiltrer dans une prison située sur le mont Kabuto et libérer des combattants qui ont été enfermés par le Shogunat. Il est aidé par Inazuma, un membre du conseil du sud...

L’un des Samurai Gun, Sutekichi, est capturé par des hommes au service du Shogunat. Ichimatsu, Daimon et Kurenai embarquent sur un bateau à vapeur et partent lui porter secours...

Des femmes sans défense sont assassinées dans l’usine où travaille Archimedes, un homme à la stature imposante qui possède des origines allemandes et japonaises. Archimedes s'est mis au service du Shogunat en échange du remède qui permet à sa mère malade de survivre à une pénible maladie...

Accompagné du clan Satsuma, Daimon tente de se réapproprier des documents top secrets qui sont tombés dans les mains du Shogunat. Au cours de la mission, il reste en retrait afin de détourner l’attention de leurs poursuivants et se fait capturer...

Ichimatsu est troublé par des cauchemars qui lui rappellent le meurtre de sa sœur. Alors qu’il lutte pour ne pas perdre la tête, il est envoyé en mission en compagnie de Sutekichi. Leur route les mène à un pont, protégé par une imposante troupe du Shogunat, qu’il ne peuvent contourner...

Ichimatsu, Daimon et Kurenai doivent se rendre à l’intérieur d’une base ennemie pour subtiliser une clé permettant de décoder les messages du Shogunat et la remplacer par une clé erronée. Alors qu’ils partent en mission, un espion du Shogunat se dirige vers Ohana. Lorsqu’ils atteignent enfin la clé, Ichimatsu se voit dans l’obligation d’affronter Watou...

Il semblerait qu’une femme capable de prédire le futur soit enfermée dans une prison. Ses geôliers sont persuadés qu’elle pourra leur apporter la richesse dont ils ont toujours rêvé Ichimatsu et Daimon doivent se rendre dans cette prison pour mettre la main sur Ryoma Sakamoto, qui tente de son côté de libérer cette étrange femme…

Il existe un village dont l’activité tout entière est dédiée à la création d’armes pour le Conseil et ses agents, les Samouraïs Guns. Hebizo, l’un des fils du chef du village assassine son frère aîné afin de s’emparer du plan d’une nouvelle arme. Malheureusement pour lui, il s’avère que le plan est incomplet, mesure de précaution pour éviter que des armes dangereuses tombent entre des mains ennemies…

Pour une raison inconnue, le Conseil décide de se débarrasser de Gouta, le Samouraï Gun numéro 2. Le plan tombe à l’eau et Gouta décide d’éliminer tous les agents qui ont participé à cette machination du Conseil. Malgré les prévisions du Conseil, Gouta parvient à retrouver et à défaire Ichimatsu...

Gouta libère Ohana à l’arrivée d’Ichimatsu. Alors que les deux protagonistes s’expliquent, Sutekichi se prépare à attaquer Gouta avec une nouvelle arme. Pendant ce temps, Watou et son unité sont en route pour tenter de détruire la nouvelle arme mise au point par le Conseil...